يتمثل دور المكتب بشكل أساسي في القيام بكافة إجراءات التحقيقات في قضايا الممارسات الضارة في التجارة الدولية بهدف حماية القطاعات الصناعية لدول المجلس من تلك الممارسات، وذلك حينما تسبب ضرراً للصناعة الخليجية أو تهدد بوقوعه أو تعيق قيامها.    

يقوم مكتب الأمانة الفنية لمكافحة الممارسات الضارة في التجارة الدولية بالتحقيقات، وفقاً لأحكام القانون  الموحد لمكافحة الإغراق والتدابير التعويضية والوقائية لدول مجلس التعاون لدول الخليج العربية ولائحته التنفيذية في دول المجلس واتفاقيات منظمة التجارة العالمية المعنية بمكافحة الإغراق والدعم والزيادة في الواردات (الوقاية).

ويلتزم مكتب الأمانة الفنية عند قيامه بإجراءات التحقيق بالنزاهة دون تحيز لأي طرف من الأطراف، كما يلتزم المكتب من الناحية القانونية والإجرائية باحترام جميع القواعد المنصوص عليها في القانون الخليجي الموحد ولائحته التنفيذية، وبالتأكد من وفاء دول مجلس التعاون بالتزاماتها مع منظمة التجارة العالمية فيما يتعلق باتفاقيات الإغراق والدعم والزيادة في الواردات (الوقاية) وبتوافق القانون الموحد لدول مجلس التعاون لمعالجة الممارسة الضارة في التجارة الدولية مع هذه الاتفاقيات.    

وهو في ذلك يقوم بجميع المراحل الإجرائية الخاصة بالتحقيقات في مجال الممارسات الضارة في التجارة الدولية لتقدير مدى توفر تلك الممارسات من عدمها وما إذا كانت قد سببت ضررا للصناعة الخليجية، وذلك وفقا لأحكام اتفاقيات منظمة التجارة العالمية المتعلقة بالإغراق والدعم والزيادة في الواردات (الوقاية) والقانون  الخليجي الموحد، كما يتولى مكتب الأمانة الفنية اقتراح و متابعة تطبيق الرسوم و التدابير التعويضية والوقائية ضد الإغراق،  والدعم والزيادة في الواردات الموجهة إليها من غير الدول الأعضاء في مجلس التعاون لدول الخليج العربية.

يبرز مكتب الأمانة الفنية لمكافحة الممارسات الضارة في التجارة الدولية في إطار أجهزة مجلس التعاون لدول الخليج العربية كجهاز تستند عليه دول مجلس التعاون بهدف المحافظة وحماية صناعاتها المتطورة والناشئة من الممارسات غير المشروعة عند التوريد (الإغـراق  والدعـم)، والزيادة في الواردات (الوقاية).

 وتؤدي هذه الحماية التجارية المشروعة لصناعات دول مجلس التعاون دور العامل الحافز لهذه الصناعات لزيادة الاستثمار وتوسيع آفاق التشغيل و تسويق منتجاتها، واستنادا إلى ما تقدم، تتمثل رسالة مكتب الأمانة الفنية فيما يلي: 

1. حماية الصناعة الخليجية من الممارسات الضارة في التجارة الدولية بما يمكنّها من الرفع من قدراتها التنافسية  والتصديرية. 

2. نشر المعرفة بقواعد و إجراءات مكافحة الممارسات الضارة في التجارة الدولية بين المهتمين بهذه الموضوعات سواء في قطاعات الصناعة الوطنية و المصدريـن والموردين و المحامين و المحاسبين وغيرهم، وذلك تحقيقا للشفافية والوعي بهذه الموضوعات الجديدة على الساحة الاقتصادية الخليجية. 

3. توثيق العلاقة بين مجتمع الصناعيين الخليجيين ومكتب الأمانة الفنية لمكافحة الممارسات الضارة في التجارة الدولية.

4. توثيق العلاقة بين منظومات العمل الاقتصادي الخليجي. 

5. توثيق العلاقة مع منظمة التجارة العالمية وأجهزة مكافحة الإغراق في المنظمات والدول الأخرى.

 عليه يسعى مكتب الأمانة الفنية إلى أن يكون منظمة رائدة في مجال اختصاصها على غرار أهم الأجهزة العالمية في هذا المجال، ليساهم في تحقيق التكامل الاقتصادي بين الدول الأعضاء بكل كفاءة ومهنية وتميز.

 هدف مكتب الأمانة الفنية لمكافحة الممارسات الضارة في التجارة الدولية إلى أن يكون أحد المنظومات الرائدة للعمل الخليجي المشترك لدول المجلس من خلال تحقيق ما يلي:

1. الدفاع عن المصالح الاقتصادية ل دول مجلس التعاون من مخاطر الممارسات الضارة في التجارة الدولية.

2. دعم وتعزيز القدرة التنافسية للصناعات الخليجية. 

3. العمل مع مؤسسات وهيئات منظومة العمل الخليجية الأخرى للمحافظة على المنجزات الاقتصادية لدول مجلس التعاون، لاسيما في مجال الصناعة.

4. حماية المصنعين في دول مجلس التعاون من التدابير الحمائية الموجهة ضدهم من غير الدول الأعضاء.

إن مكتب الأمانة الفنية لمكافحة الممارسات الضارة في التجارة الدولية هو أحد منجزات مسيرة التعاون الخيرة، والذي كان لأصحاب المعالي وزراء الصناعة وأصحاب السعادة أعضاء اللجنة الدائمة لمكافحة الممارسات الضارة في التجارة الدولية لدول مجلس التعاون  دور هام وكبير في إنشائه وظهور هذه اللبنة المؤسسية إلى حيز الوجود، والتي سيكون لها بإذن الله تعالى مع مثيلاتها من مؤسسات العمل الخليجي المشترك  دور في دعم وتعزيز المسيرة الخيرة لدول المجلس، من خلال حماية صناعتها من الممارسات الضارة في التجارة الدولية،  وتدعيم المكاسب المتحققة والمحافظة عليها.

إن ما تحقق لمكتب الأمانة الفنية من إنجازات، خلال هذه الفترة القصيرة من عمره، ليدلل على الدور الهام الذي يضطلع به المكتب، والذي جاء نتيجة تضافر جهود كافة الجهات المعنية بتطبيق القانون الموحد والجهات المعنية بتنفيذ القرارات الصادرة عن تطبيقه، وتعزيز سبل التعاون فيما بينها وبين مكتب الأمانة الفنية، بهدف المحافظة على المنجزات الاقتصادية لدول المجلس ودعم وتعزيز القدرات التنافسية للصناعة الخليجية، وخلق بيئة جاذبة للاستثمارات وتوثيق العلاقة بين منظومات العمل الاقتصادي الخليجي ومنظمة التجارة العالمية، في ظل التطورات العالمية المتسارعة نحو تفعيل نظام السوق واحتدام المنافسة بين دول العالم على زيادة حصتها من التجارة العالمية واجتذاب أكبر قدر من الاستثمارات وقيام منظمة التجارة العالمية،

 كمنظمة معنية  بحرية التجارة بين الدول وانضمام دول المجلس لعضويتها، وما تفرضه هذه العضوية من التزامات على الدول الأعضاء، وذلك كله من أجل أن نكسب معاً رهان المنافسة.