تشرف على مكتب الشبكة الخليجية لضمان جودة التعليم العالي لجنة بمسمى اللجنة الإشرافية تتكون عضويتها من مرشحي وزارات التعليم العالي والبحث بدول مجلس التعاون (وكلاء وزارات التعليم العالي والبحث العلمي أو من ينوب عنهم)، وللجنة الإشرافية العديد من المهام والصلاحيات، كما تقوم بإعداد تقرير سنوي عن أعمال الشبكة الخليجية يرفع إلى لجنة وزراء التعليم العالي والبحث العلمي في اجتماعهم السنوي، وتكون الرئاسة الدورية للجنة حسب الرئاسة الدورية لمجلس التعاون.