شكّل الاحتلال الإيراني للجزر الإماراتية الثلاث منذ نوفمبر 1971م ، عامل قلق عميق أعاق إلى حد كبير إمكانية توسيع العلاقات بين دول المجلس مع إيران . كما أعرب المجلس مراراً عن رفضه واستنكاره لتدخلات إيران المتكررة في الشئون الداخلية لدول المجلس والمنطقة . وطالب بالالتزام التام بالاسس والمبادئ والمرتكزات الاساسية المبنية على حسن الجوار ، واحترام سيادة الدول ، وعدم التدخل في الشؤون الداخلية ، وعدم اســتخدام القوة او التهديد بها . وضمن هذا السياق ، عبر مجلس التعاون عن رفضه لتصريحات بعض المسؤولين الايرانيين ضد دول المجلس والتدخل في شؤونها الداخلية ، ومحاولة بث الفرقة واثارة الفتنة الطائفية بين مواطنيها في انتهاك لسيادتها واستقلالها . وطالب المجلس ايران بضرورة الكف الفوري عن هذه الممارسات والالتزام بمبادئ حسن الجوار والقوانين والمواثيق والاعراف الدولية ، بما يكفل الحفاظ على امن المنطقة واستقرارها.