تمشياً مع تطورات العمل المشترك خلال العقدين الأولين من عمـر المجلس ، والمستجدات والتحديات الدولية في المجال الاقتصادي ، أقرّ المجلس الأعلى في دورته الثانية والعشرين (مسقط ، ديسمبر 2001) الاتفاقية الاقتصادية بين دول المجلس ، وقد نقلت الاتفاقية الجديدة أسلوب العمل المشترك من طور التنسيق إلى طور التكامل وفق آليات وبرامج محددة ، كما أنها أكثر شمولية بمعالجتها للموضوعات التالية:

1. الاتحاد الجمركي لدول المجلس.

2. العلاقات الاقتصادية الدوليـة لـدول المجلـس مع الدول والمجموعات الاقتصادية الأخرى والمنظمات الدولية والإقليمية ، وتقديم المعونات الدولية والإقليمية.

3. السوق الخليجية المشتركة حيث تشمل تحديد مجالات المواطنة الاقتصادية.

4. الاتحاد النقدي الاقتصادي.

5. تحسين البيئة الاستثمارية في دول المجلس.

6. التكامل الإنمائي بين دول المجلس، بما في ذلك التنمية الصناعية، وتنمية النفط والغاز والموارد الطبيعية ، والتنمية الزراعية ، وحماية البيئة ، والمشروعات المشتركة.

7. تنمية الموارد البشرية ، بما في ذلك التعليم ، ومحو الأمية وإلزامية التعليم الأساسي ، وتفعيل الاستراتيجية السكانية ، وتوطين القوى العاملة وتدريبها وزيادة مساهمتها في سوق العمل.

8. البحث العلمي والتقني وتطوير القاعدة العلمية والتقنية والمعلوماتية ، وحماية الملكية الفكرية.

9. التكامل في مجالات البنية الأساسية ، بما في ذلك النقل والاتصالات والتجارة الإلكترونية.

بالإضافة إلى ذلك ، تضمنت الاتفاقية الاقتصادية في فصلها الثامن آليات للتنفيذ والمتابعة وتسوية الخلافات ، حيث نصت على تشكيل هيئة قضائية للنظر في الدعاوى المتعلقة بتنفيذ أحكام الاتفاقية والقرارات الصادرة تطبيقاً لأحكامها.