​أولا المجلس الأعلى :

 هو السلطة العليا لمجلس التعاون ، ويتكون من رؤساء الدول الاعضاء ، ورئاسـته دورية حسب الترتيب الهجائي لأسماء الدول ، ويجتمع في دورة عادية كل سـنة ، ويجوز عقد دورات اسـتثنائية بناء على دعوة أي دولة عضو ، وتأييد عضو آخر . وفي قمة أبوظبي لعام 1998 ، قرر المجلس الاعلى عقد لقاء تشاوري فيما بين القمتين السابقة واللاحقة . ويعتبر انعقاد المجلس صحيحا اذا حضر ثلثا الاعضاء الذين يتمتع كل منهـم بصوت واحـد ، وتصدر قـراراتـه في المسـائل الموضـوعيـة باجماع الدول الاعضاء الحاضرة المشـتركة في التصويت ، وفي المسـائل الاجـرائية بالاغلبيـة . النظام الأساسي .

الهيئة الإستشارية للمجلس الأعلى :

و هي مكونة من ثلاثين عضوا على أساس خمسة أعضاء من كل دولة عضو يتم إختيارهم من ذو الخبرة و الكفاءة لمدة ثلاث سنوات . وتختص الهيئة بدراسة ما يحال إليها من المجلس الأعلى نظام الهيئة .

هيئة تسوية المنازعات:

تتبع المجلس الأعلى هيئة تسوية المنازعات التي يشكلها المجلس الأعلى في كل حالة حسب طبيعة الخلاف النظام الأساسي .

ثانيا المجلس الوزاري :

يتكون المجلس الوزاري من وزراء خارجية الدول الاعضاء او من ينوب عنهم من الوزراء ، وتكون رئاسته للدولة التي تولت رئاسة الدورة العادية الاخيرة للمجلس الاعلى ، و يعقد المجلس اجتماعاته مرة كل ثلاثة أشهر ويجوز له عقد دورات استثنائية بناء على دعوة أي من الاعضـاء وتأييد عضـو آخر ، ويعتبر انعقاده صحيحا اذا حضر ثلثا الدول الاعضاء . وتشمل اختصاصات المجلس الوزاري ، من بين امور اخرى ، اقتراح السياسات ووضع التوصيات الهادفة لتطوير التعاون بين الدول الاعضاء ، والعمل على تشجيع وتنسيق الانشطة القائمة بين الدول الاعضاء في مختلف المجالات ، وتحال القرارات المتخـذة في هـذا الشـأن الى المجلـس الـوزاري الـذي يرفع منهـا بتوصية الى المجلـس الاعلـى مايتطلب موافقته . كما يضطلع المجلس بمهمة التهيئة لاجتماعات المجلس الاعلى واعداد جدول اعمالـه . وتماثل اجـراءات التصويت في المجلـس الـوزاري نظيرتهـا في المجلــس الاعلى النظام الأساسي .

ثالثا الأمانة العامة :

تتلخص اختصاصات الأمانة العامة في إعداد الدراسات الخاصة بتعزيز التعاون و التنسيق و التكامل في خطط وبرامج  ومشروعات العمل الخليجي المشترك ، وإعداد تقارير دورية عن أعمال المجلس ، و متابعة تنفيذ القرارات ، و إعداد التقارير و الدراسات التي يطلبها المجلس الأعلى أو المجلس الوزاري ، و التحضير للاجتماعات و إعداد جداول أعمال اجتماعات المجلس الوزاري و مشروعات القرارات ، وغير ذلك من المهام المنصوص عليها في النظام الأساسي  لمجلس التعاون.

وحسب الهيكل التنظيمي الجديد للأمانة العامة، الذي اعتمده المجلس الوزاري في 25 نوفمبر 2014م، فإن الجهاز الإداري للأمانة العامة يتألف من الآتي :

 ‌       أ- أمين عام يعينه المجلس الأعلى لمدة ثلاث سنوات قابلة للتجديد مرة واحدة .

     ب- خمسة أمناء مساعدين للشوؤن السياسية والمفاوضات، والشؤون الاقتصادية والتنموية، والشؤون العسكرية، والشؤون الأمنية، والشؤون التشريعية والقانونية، ويعينهم المجلس الوزاري بترشيح من الأمين العام لمدة ثلاث سنوات قابلة للتجديد .

 ‌     ج- أربعة رؤساء قطاعات تخصصية للشؤون السياسية، وشؤون المفاوضات، والشؤون الاقتصادية، وشؤون الانسان والبيئة، على ارتباط مباشر بالأمناء العامين المساعدين المعنيين. ويعينهم المجلس الوزاري بترشيح من الأمين العام لمدة ثلاث قابلة للتجديد.

 ‌       د- خمسة رؤساء بعثات للمكاتب الخارجية، على ارتباط مباشر بالأمناء العامين المساعدين المعنيين. ويعينهم المجلس الوزاري بترشيح من الأمين العام لمدة ثلاث سنوات قابلة للتجديد.

     هـ- خمسة مدراء عموم للقطاعات التالية: مكتب الأمين العام، التنسيق والمتابعة، التخطيط الاستراتيجي والتميز المؤسسي، الإعلام والتواصل الاستراتيجي، الشؤون المالية والإدارية، شؤون المعلومات، المراسم، ويتم تعيينهم من قبل الأمين العام .

الهيكل التنظيمي العام للأمانة العامة