في ديسمبر 1987 ، قرّر المجلس الأعلى لدول المجلس في دورته الثامنة الموافقة على الدخول في مفاوضات رسمية مع الجماعة الأوربية ، بهدف الوصول إلى اتفاقية مبدئية بمثابة إطار للتعاون بين الجانبين ، وفوّض المجلس الوزاري بالتفاوض مع الجماعة الأوربية والتوقيع النهائي على هذه الاتفاقية . وهو ما تم التوصل إليه في صيف العام التالي بالتوقيع على الاتفاقية الإطارية بين دول المجلس والجماعة الأوربية في 15 يونيه 1988م ، ومن ثم اعتمادها من المجلس الأعلى في دورته التاسعة (المنامة ، ديسمبر 1988م) ، ودخلت حيز التنفيذ في بداية عام 1990م.

كما قرر المجلس الأعلى في تلك الدورة تفويض المجلس الوزاري بإصدار التفويض اللازم للفريق التفاوضي للدخول في المفاوضات الرسـمية مع الجماعة الأوربية ، بهدف الوصول إلى اتفاق تجاري بين الطرفين . وقد اصدر المجلس الوزاري في دورته الخامسة والثلاثين ، يونيو 1990 ، القرار الخاص بالدخول في مفاوضات تجارية رسمية مع الجماعة الأوربية ، وتفويض الفريق التفاوضي بالدخول في  هذه المفاوضات ، وفق عدد من التوجيهات التي تم اعتمادها.

واثر توقيع الاتفاقية الإطارية سارت العلاقات بين دول المجلس والجماعة الأوربية في مسارين:

( أ )  تنفيذ الاتفاقية الإطارية  

نصت الاتفاقية الإطارية للتعاون بين دول المجلس والاتحاد الأوربي على تشكيل مجلس مشترك يضم وزراء خارجية الطرفين يجتمع سنوياً بشكل دوري ، وقد عقد المجلس الوزاري المشترك حتى عام 2013 ثلاث وعشرين اجتماعاً ، كان أولها في مسقط بسلطنة عمان في 17 مارس 1990م وآخرها في المنامة في 30 يونيه 2013 . ولم يعقد المجلس الوزاري المشترك اجتماعاً دورياً له عام 1995م ، وإنما عقد اجتماعاً وزارياً مختصراً على مستوى الترويكا ، أتُفق فيه على زيادة أوجه التعاون بين الجانبين. بالإضافة إلى ذلك ، يعقد الجانبان اجتماعاً سـنوياً في نيويورك على هامش اجتماعات الجمعية العامة للأمم المتحدة.

كما نصت الاتفاقية الإطارية على إنشاء لجنة للتعاون المشترك لتعزيز العلاقات ولمساعدة المجلس الوزاري المشترك في أداء مهامه ، وأعطت الاتفاقية الحق للمجلس الوزاري المشترك بتشكيل أية لجان فرعية أخرى يراها مناسبة للمساهمة في أداء مهامه. وأقرّ المجلس الوزاري المشترك في اجتماعه الثاني المنعقد في لوكسمبورج (مايو 1991م) تشكيل ثلاث فرق عمل تعنى بالتعاون في مجالات الصناعة والبيئة والطاقة. 

وفي إطار تفعيل الاتفاقية الإطارية للتعاون  الاقتصادي ، عقد اجتماع موسع للخبراء وكبار المسؤولين من الجانبين في مقر الأمانة العامة يومي 9 و 10 فبراير 2010 ، تم خلاله الاتفاق على مشروع برنامج عمل مشترك لتفعيل التعاون بينهما خلال الفترة 2010 ـ 2013.

وأقرّ المجلس الوزاري الخليجي الأوربي المشترك في دورته العشرين ، التي عقدت في لوكسمبورغ في 14 يونيو 2010م ، برنامج العمل المشترك للفترة (2010 ـــ 2013) للتعاون مع الجانبين . وفي إطار تنفيذ البرنامج ، تم إنجاز عدد كبير من الفعاليات المشتركة في مجالات التعاون المالي والاقتصادي والنقدي ، والتجارة ، والصناعة ، والاستثمار ، والطاقة ، والسلامة النووية ، والكهرباء ، والماء ، والنقل ، والبيئة ، ومكافحة غسل الاموال وتمويل الارهاب ، وبراءات الاختراع ، وحماية الملكية الفكرية ، والتعليم العالي والبحث العلمي وغيرها ، حيث تعقد بشكل دوري حوارات ولقاءات وورش عمل . ومن تلك الفعاليات ما يلي :

• ندوة البيئة المشتركة بين الاتحاد الأوربي ومجلس التعاون التي عقدت في سلطنة عمان يومي 15 و 16 يناير 2011م ، ونجم عن هذا اللقاء ، زيارة وفد من مسؤولي اجهزة البيئة في دول المجلس إلى الاتحاد الأوربي في 25 و 26 مايو 2011م.

• ورشة عمل التجارة والاستثمار التي عقدت في بروكسل ، اكتوبر 2012.

• ورشة عمل الكهرباء والماء التي عقدت في بروكسل ، نوفمبر 2012.

• محاضرة بعنوان "مؤسسات الاتحاد الاوربي وعملية صنع القرار بعد تنفيذ معاهدة لشبونة" اقيمت في مقر الأمانة العامة ، نوفمبر 2012م ، وذلك بالتنسيق مع معهد الشؤون الدولية في روما. 

• ورشة التعاون في الابحاث والابتكار التي عقدت في بروكسل ، ديسمبر 2012م.

• انشاء شبكة الاتحاد الأوربي ومجلس التعاون الخليجي للطاقة النظيفة.

• السعي إلى توقيع مذكرة تفاهم بين اليوروستات ومجلس التعاون في المجالات الإحصائية.

• التحاق عدد من منسوبي الأمانة العامة لمجلس التعاون ببرنامج الإعارة الدبلوماسي في الجهاز الأوربي للعلاقات الخارجية في إبريل 2012م ، وفبراير 2013م ، ومارس 2014. 

في المجال الاقتصادي ، يعقد بين الجانبين الحوار الاقتصادي بشكل دوري ، كان آخره الحوار الاقتصادي الرابع الذي عُقد في بروكسل 19 مارس 2013م ، والذي جمع خبراء ومختصين من الجانبين لمناقشـة المواضيع ذات الاهتمام المشترك . بالإضافة إلى عقد لقاءات دورية بين محافظي مؤسسات النقد والبنوك المركزية بدول المجلس ونظرائهم من الاتحاد الاوربي ، حيث عقد اللقاء الثالث في يناير 2012 في أبوظبي . كما تعقد بشكل دوري ورشة عمل مكافحة غسل الأموال وتمويل الإرهاب ، حيث عقدت ورشة العمل السابعة في نوفمبر 2011 في بولندا.

وعقدت لجنة التعاون المشترك بين مجلس التعاون والاتحاد الأوربي اجتماعها الخامس والعشرين في ابريل 2014م في الامانة العامة لمجلس التعاون ، حيث ناقش الاجتماع التطورات في مجلس التعاون والاتحاد الأوربي ، وكذلك سير العمل في مجالات التعاون ضمن اتفاقية التعاون المشترك بين مجلس التعاون والاتحاد الأوربي والمجالات الأخرى للتعاون ، بما في ذلك الأنشطة القائمة كالعلاقات التجارية وتسهيل التجارة . كما يتم التنسيق حالياً لعقد ما يلي :

ــ الحوار الاقتصادي الخامس في مايو 2014 بمقر الأمانة العامة.

ــ ندوة مشتركة بين مجلس التعاون والاتحاد الأوربي في مجال الأمن الغذائي وصحة الحيوان واستيراد الأغذية والحيوانات الحية ، خلال شهر يونيه 2014م ، بمقر الأمانة العامة.

ــ حوار الطيران المدني ، خلال شهر يونيه 2014م ، في بروكسل. 

(ب) المفاوضات التجارية  

إن المصالح التجارية والاقتصادية لكلا الجانبين تتطلب منهما العمل المشترك لتعزيز علاقاتهما ، فدول المجلس تتمتع بوجود احتياطيات كبيرة من النفط الخام الذي يعتبر عصب الحياة في الاتحاد الأوربي وفي العالم اجمع ، كما أن دول المجلـس تعتبر دولاً نامية بحاجة كبيرة إلى التكنولوجيا والخبرات ومنتجات المصانع الأوربية المختلفة . وهذا الوضع يتطلب من الجانبين العمل على زيادة التبادل التجاري فيما بينهما ، وإزالة العوائق التي تحد من هذا التبادل.

لذا فقد أشارت اتفاقية التعاون بين دول المجلس والاتحاد الأوربي (1988) في مادتها الحادية عشرة ، إلى أن الاتفاقية تهدف إلى تشجيع وتطوير وتنويع المبادلات التجارية بين الطرفين المتعاقدين إلى أكبر مستوى ممكن ، وأن الطرفين سيدخلان في مفاوضات للوصول إلى اتفاق يهدف إلى توسيع التجارة وفقاً لأحكام الإعلان المشترك الملحق بهذه الاتفاقية ، وإلى أن يتم التوصل إلى الاتفاق التجاري يعامل الطرفان المتعاقدان بعضهما البعض معاملة الدولة الأولى بالرعاية. وجاء الإعلان المشترك بشأن الفقرة الثانية من المادة الحادية عشرة ليوضح أن الهدف من اتفاقية التجارة المشار إليها في هذه الفقرة هو توسيع التجارة من خلال إجراءات مناسبة لتحسين نفاد صادرات كل طرف إلى أسواق الطرف الآخر وتحرير تجارتهما الثنائية.

بعد توقيع اتفاقية التعاون ، أخذت المفاوضات التجارية مساراً مستقلاً عن قضايا التعاون الأخرى . وقد اتخذ القرار السياسي من قبل المجلس المشترك بأن الهدف من هذه المفاوضات هو توصل الطرفين إلى اتفاقية للتجارة الحرة. وبدأت المفاوضات في عام 1991م ، إلا أنها لم تكن تسير بشكل منتظم ، إذ اعترضها في البداية عقبات حالت دون تحقيق تقدم في تلك الفترة . وبعد قيام الإتحاد الجمركي وتوحيد التعرفة لدول مجلس التعاون ، تم تكثيف المفاوضات ، وعقدت عدة جولات تم خلالها إنجاز الكثير من الموضوعات وبقي بعض النقاط التي تحتاج إلى مزيد من المناقشة.

ونظراً لعدم وجود أي تقدم في المفاوضات وتمسك الجانب الأوربي بمواقفه السابقة حيال النقاط العالقة ، فقد قامت دول المجلس في ديسمبر 2008 بتعليق المفاوضات ، مع الموافقة على الطلب الأوربي باستمرار المشاورات بين الجانبين إلى حين توفر أرضية مشتركة لاستئناف المفاوضات.