تعزيزاً لمسيرة المجلس المباركة ورغبة في التكامل الاقتصادي بين دول المجلس ، فقد أعلن المجلس الأعلى في دورته الثالثة والعشرين (الدوحة ، ديسمبر 2002م) عن قيام الإتحاد الجمركي لدول مجلس التعاون اعتباراً من 1 يناير 2003م ، وذلك انطلاقاً من الأهداف والغايات التي نص عليها النظام الأساسي لمجلس التعاون ، والاتفاقية الاقتصادية بين دول المجلس ، وتعزيزاً للخطوات والجهود التي قطعتها مسيرة العمل الاقتصادي المشترك ، وحرصاً منه على تقوية أواصر التعاون بين الدول الأعضاء وصولاً إلى التكامل المنشود لتحقيق أمال وتطلعات مواطني دول المجلس.

شهدت هذه المرحلة نقطة تحول جوهرية في مسيرة العمل الاقتصادي المشترك لدول المجلس ، فإتفاق دول المجلس على قيام الإتحاد الجمركي في عام 2003م ، يعني أنها أصبحت ضمن جدار جمركي واحد تجاه العالم الخارجي ، تستوفي فيه الرسوم الجمركية على السلع الأجنبية لمرة واحدة فقط في نقطة الدخول الأولى ، ويتم انتقال كافة هذه السلع بين دول المجلس دون استيفاء رسوم جمركية مرة أخرى عليها ، وهذه الخطوة تعتبر من أهم خطوات الإتحاد الجمركي والتي طبقتها دول المجلس في اليوم الأول من قيام الإتحاد ، ويتم معالجة نصيب كل دولة من الدول الأعضاء من الرسوم الجمركية الخاصة بالسلع الأجنبية التي يتم انتقالها بين الدول الأعضاء خلال الفترة الانتقالية ، من خلال آلية المقاصة ، وذلك خلال فترة انتقالية يتم بعد انتهائها الوصول إلى الوضع النهائي للاتحاد الجمركي.

إن ما حققه الإتحاد الجمركي لدول المجلس جاء تنفيذاً للمادة الأولى من الاتفاقية الاقتصادية لدول المجلس ، والتي نصت على إقامة إتحاد جمركي لدول المجلس يطبق في موعد أقصاه يناير 2003م ويتضمن كحد أدنى ما يلي:

* تعرفة جمركية موحدة تجاه العالم الخارجي.

* أنظمة وإجراءات جمركية موحدة.

* نقطة دخول واحدة يتم عندها تحصيل الرسوم الجمركية الموحدة.

* انتقال السلع بين دول المجلس دون قيود جمركية أو غير جمركية ، مع الأخذ في الاعتبار تطبيق أنظمة الحجر البيطري والزراعي ، والسلع الممنوعة والمقيدة.

* معاملة السلع المنتجة في أي من دول المجلس معاملة المنتجات الوطنية.

في هذا الإطار طبقت دول المجلس تعرفة جمركية موحدة تجاه العالم الخارجي، كما طبقت القانون الجمركي الموحد منذ عام 2002م وحقق هذا الإنجاز فوائد كبيرة لإدارات الجمارك بالدول الأعضاء ، وبمجرد أن يعمل ما يزيد عن ستين منفذاً جمركي بدول المجلس بقانون جمركي موحد وتعرفة جمركية موحدة ، فهو إنجاز تفخر به دول المجلس ، ومن خلاله تم العمل بأنظمة وإجراءات جمركية موحدة في كافة المنافذ الجمركية في الدول الأعضاء.

فيما يخص نقطة الدخول الواحدة التي يتم بها تحصيل الرسوم الجمركية الموحدة على البضائع المستوردة لدول المجلس ، طبقت جميع دول المجلس هذا المطلب منذ قيام الإتحاد الجمركي بشكل جيد ، حيث تطبق جميع الإجراءات الجمركية على جميع السلع الأجنبية في نقطة الدخول الأولى في أي من دول المجلس بحيث يقوم المنفذ الأول الذي دخلت عن طريقه البضاعة بإجراءات التفتيش والمعاينة على البضائع الأجنبية الواردة إليه والتأكد من مطابقتها للمستندات المطلوبة وخلوها من الممنوعات واستيفاء الرسوم الجمركية المستحقة عليها ، وتنتقل السلعة فيما بعد دون استيفاء رسوم جمركية عليها في الدول الأعضاء الأخرى التي تنتقل إليها داخل دول المجلس . وقد حقق انتقال السلع الوطنية والأجنبيـة نمواً ملحوظـاً منذ العام 2002م ، الذي سـبق قيام الإتحاد الجمركي ، إلى عام 2013 بلغ حوالي 707% ، حيث بلغ حجم التجارة البينية 121 مليار دولار في العام 2013م ، مقارنة بـ 15 مليار دولار في العام 2002 . واستفادت معظم الصناعات الوطنية من المزايا التي وفرها الإتحاد الجمركي ، خلال الفترة التي مضت منذ بدء العمل به ، كما تم الاتفاق منذ قيام الإتحاد الجمركي على عدد من الجوانب الهامة للعمل بنقطة الدخول الواحدة.